Постановлением Советом Министров РБ в августе 1993 года ОКПП «Минск-Аэропорт» преобразуется в ОКПП «Минск». Основными подразделениями которого были: опк «Минск-1» с дислокацией в пункте пропуска «Аэропорт Минск-1», опк «Гомель» (с дислокацией в пункте пропуска Гомель), опк «Минск-2» и «Минск-3» (с дислокацией в пункте пропуска «Аэропорт Минск-2»).
Этот период в истории ОКПП характеризовался формированием и преобразованием как пограничных войск Республики Беларусь в целом, так и самого ОКПП «Минск». До настоящего времени в составе ОКПП было отделение пограничного контроля «Витебск», а теперь отделения пограничного контроля «Витебск» и «Гомель» относятся к другим территориальным подразделениям органов пограничной службы.
В октябре 1998 года приказом Председателя Государственного Комитета пограничных войск РБ в состав ОКПП «Минск» включено отделение пограничного контроля «Могилёв», а в 2001 году создается криминалистическая лаборатория. Она уникальна, потому что оборудована такими средствами по проверке документов, что практически не одна подделка в документах на пересечение границы не останется без внимания, любая подделка будет выявлена в максимально краткие сроки. В органах пограничной службы таких лабораторий всего две, вторая в Брестской пограничной группе.
16 мая 2009 года Указом Президента Республики Беларусь отдельный контрольно-пропускной пункт «Минск», преобразован в отряд пограничного контроля «Минск», а 22 июня 2011 года было вручено Боевое знамя.
