Сморгонский пограничный отряд был сформирован по территориальному принципу на месте дислокации 84 Ошмянского пограничного отряда.

Сморгонский пограничный отряд образован на основании Постановления Совета Министров Республики Беларусь № 562 от 15 сентября 1992 года. День образования части — 23 октября 1992 года. Сморгонский пограничный отряд охранял Государственную границу с Литовской Республикой на участке протяженностью 351,4 км. 

Управление пограничного отряда и подразделения обеспечения дислоцировались на базе бывшего ракетного полка стратегического назначения в 7 км от г. Сморгонь, Гродненской области. В состав пограничного отряда входило 3 (три) пограничные комендатуры: «Островец», «Ошмяны», «Лида». 

Первым начальником пограничного отряда был назначен полковник Морковкин Василий Федорович.